La Contraloría Interna es un órgano de control autónomo, con funciones de auditoría, control y evaluación; de desarrollo y modernización administrativa; y de sustanciación de los procedimientos de responsabilidad que correspondan en contra de servidores públicos de la Comisión. Asimismo, es el área encargada de verificar, que los recursos materiales, humanos, financieros y el patrimonio de la Comisión, se administren con transparencia, eficiencia, eficacia, economía, legalidad, racionalidad y estricto apego a las disposiciones normativas aplicables, para el cumplimiento de sus funciones de prevención, detección, combate y sanción de la corrupción.